免疫沉淀（immunoprecipitation）是利用抗体抗原特异性结合的原理，从而使抗原（目标蛋白）沉淀下来，达到初步纯化分离的一种技术。
免疫共沉淀（co-immunoprecipitation）是基于抗原抗体的免疫反应，体外检测两个分子间是否存在相互作用的一种技术。
免疫沉淀的目的是为了获得（富集）抗原（目标蛋白）；而免疫共沉淀的目的是为了筛选/验证是否存在与目标蛋白相互作用的另一种蛋白/分子。不难看出免疫沉淀与免疫共沉淀所用的原理和方法大体相同。所不同的是，在免疫共沉淀中对靶蛋白的结合沉淀由另一个与之发生相互作用的蛋白所替代。在免疫沉淀或免疫共沉淀的基础上，通过进一步与其他技术的结合如SDS-PAGE/Western Blot进行检测。
免疫沉淀与免疫共沉淀的比较
| 对比指标 | 免疫沉淀 | 免疫共沉淀 |
|---|---|---|
| 作用原理 |  |
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| 实验目的 | 富集（初步分离）目标蛋白 | 体外验证/筛选与目标蛋白存在相互作用的分子 |
| 应用 | 用于抗原或抗体的定性检测 | 用于检测、确定生理条件下蛋白间相互作用 |
免疫沉淀与免疫共沉淀实验中抗体的选择
多克隆抗体制备简单，它可与目标蛋白的多个位点结合，形成的抗原抗体复合物较稳定而应用最为广泛。同时，这也会造成较多的非特异性结合，从而导致本底反应升高，背景升高，造成一定的假阳性。
与多克隆抗体相比，单克隆抗体只识别一种抗原表位，具有单一结合特异性，因此，非特异性结合机率少，可以用于测定目的蛋白上的特殊结构，甚至可被用于区分相同靶蛋白的不同形式如构象变化和修饰。但反过来，单克隆抗体仅与单一表位结合的特性也会引起具有同一表位的不同靶蛋白间的交叉反应。
在免疫沉淀实验中，较多使用多克隆抗体，其制备简单快速经济，同时能够更多的富集目的蛋白。